kuragehime (princess jellyfish) menceritakan tentang tsukimi, seorang gadis yang sangat menyukai ubur-ubur. dia tinggal disebuah rumah yang dihuni oleh para wanita otaku. rumah tersebut bernama amamizukan. dirumah tersebut para penghuninya selain merupakan sekumpulan otaku, mereka menutup diri dari dunia luar. sangat anti terhadap laki-laki, orang-orang yang bergaya stylish, anti mendengar kata-kata "kerja" dan tidak tahan dengan dunia luar. mereka menutup diri dan tinggal didunia khayalan mereka sendiri. jika dipaksa untuk berhubungan dengan salah satu hal tersebut diatas mereka bakalan membeku seperti patung sebagai bentuk dari pertahanan diri mereka.
tsukimi tinggal di amamizukan bersama dengan chieko, putri pemilik rumah yang merangkap menjadi manager rumah. chieko sangat menyukai boneka jepang dan kimono. dia sangat terampil dalam membuat kimono. mayaya adalah seorang otaku 3 kingdom, sedangkan banba yang memiliki rambut afro tergila-gila dengan segala hal yang berkaitan dengan kereta, jiji selalu terpesona dengan laki-laki dewasa dan lebih tua darinya. dan penghuni amamizukan yang terakhir adalah mejiro, seorang mangaka bergenre yaoi yang selalu mengurung diri dikamarnya. para amars (penghuni amamizukan) sering membantunya menyelesaikan manganya disaat deadline. para amars berkomunikasi dengan mejiro dengan menggunakan secarik kertas yang diselipkan dibawah pintu kamarnya. mejiro sering dimintai pendapat tentang segala permasalahan yang dihadapi oleh para amars.
tsukimi yang tergila-gila dengan ubur-ubur selalu menyempatkan diri untuk melihat ubur-ubur totol di petshop didekat rumahnya. ubur-ubur itu dinamai clara (kurara). betapa terkejutnya tsukimi saat mengetahui bahwa ada ubur-ubur lain di akuarium tempat clara berada. padahal jenis ubur-ubur itu tidak bisa disatukan dengan ubur-ubur totol (clara), apabila tetap disatukan maka ubur-ubur totol lama kelamaan akan mati. tsukimi berusaha meminta pada penjaga petshop untuk memindahkan clara ke akuarium lain, tetapi karena penjaga petshop adalah seorang laki-laki yang sangat stylish tsukimi pun membatu. dengan mengumpulkan segenap kekuatannya tsukimi berusaha berbicara dengan laki-laki itu, tetapi dari sudut pandang si penjaga petshop tsukimi yang suram sangat menakutkan. disaat itulah ada seorang gadis yang sangat cantik membantu tsukimi dan berujung dengan membeli clara. si gadis itu memaksa untuk menginap di kamar tsukimi. tsukimi berusaha mati-matian untuk menutupi kehadiran gadis itu dari teman-temannya.
pagi harinya tsukimi sangat terkejut karena ternyata gadis itu adalah seorang laki-laki (kuranosuke) yang suka cross dress. tsukimi semakin berusaha menutupi kehadiran kuranosuke. kuranosuke yang anak seorang pejabat selalu dikelilingi gadis-gadis cantik yang memperebutkannya, tetapi sejak bertemu dengan tsukimi yang selalu antusias berserita tentang ubur-ubur kesukaannya dia selalu ingin menemui tsukimi. kuranosuke merasa bertemu dengan tsukimi lebih menyenangkan daripada bertemu dengan teman-temannya yang lain. akhirnya tanpa diundang kuranosuke selalu mengunjungi amamizukan. karena para amars sangat membenci laki-laki, kuranosuke selalu memakai pakaian ce dan berubah menjadi kurako. pada awalnya para amars sangat membenci kurako, tapi lama kelamaan mereka mulai menerima kehadiran kurako.
pada suatu waktu shu, kakak kuranosuke bertemu dengan tsukimi yang telah dimake over oleh kuranosuke. shu terpesona dengan kecantikan tsukimi. begitupula tsukimi terpesona pada shu. kuranosuke yang awalnya berusaha menjodohkan mereka berdua lama kelamaan merasa cemburu dan mulai merasa kalau dia sebenarnya juga menyukai tsukimi. tapi yang lucu shu hanya mengenali tsukimi setelah di make over, saat tsukimi berpenampilan biasa shu tidak bisa mengenali tsukimi.
kehidupan para amars yang tenang harus diusik dengan isu akan digusurnya amamizuka untuk dijadikan hotel berbintang. pemimpin developer tersebut adalah shoko, seorang wanita cantik yang licik. untuk memuluskan usahanya, dia menjebak shu dengan menaruh obat tidur diminumannya lalu mengatakan pada shu bahwa dia telah tidur bersama dengan menunjukkan bukti berupa foto di hp. kedekatan shu dengan shoko membuat tsukimi merasa sedih dan down. tetapi kuranosuke selalu berusaha menyemangati tsukimi. untuk mencegah digusurnya amamizukan, kuranosuke mengusulkan agar para amars membeli amamizukan. mereka bekerja sama membuat boneka ubur-ubur dan menjualnya. sayangnya waktunya sangat sempit, akhirnya kuranosuke berusaha mewujudkan impian tsukimi pada saat masih kecil untuk mencari dana untuk membeli amamizukan, yaitu membuat gaun yang diinspirasikan dari ubur-ubur dan menjualnya. pada awalnya tsukimi merasa tidak mampu, tetapi dengan dorongan semangat dari kuranosuke akhirnya gaun unbur-ubur rancangan tsukimi memenangkan lomba perancang busana. disaat para amars merayakan kemenangan tsukimi, ibu chieko, yaitu pemilik amamizukan datang dari korea dan mengatakan bahwa dia tidak akan menjual amamizukan. para amars pun semakin bergembira. walaupun mereka sudah tidak perlu lagi mencari dana untuk membeli amamizukan, kuranosuke tetap bertekad ingin mengenalkan gaun rancangan tsukimi yang diberi brand jellyfish keseluruh dunia............................